旧日本基督教会内にあって歴史的に宗教改革主義信仰、特に改革者ジャン・カルヴァンによって組織され、欧米において改革派教会または長老教会として発達した改革派信仰に養われた10数名の教職たちが、時代の圧迫の下にあって日本基督教団に加盟していたが、やがて敗戦と同時に信仰の自由を与えられると、その把持する信仰告白と教会政治と善き生活とを実現する健全な新教教会をこの国に打ち立てることを念願し、1946（昭和21）年4月28日東京に集合、本教会を組織した。設立者教職9名長老3名であった。

ウエストミンスター信仰告白並びに大小教理間答を信仰基準とし、教会組織は長老主義制度をとる。更に神の栄光を顕わし、且つ永遠に神を悦ぶことを人生の主なる目的とし、信仰の面のみならず、学問および生活の面においても聖書の教える所を真理としてその実現を期することが特徴である。